L'embryon chez les plantes terrestres et donc Embryophytes correspond au développement polarisé du zygote et qui, toujours au moins dans ses premiers stades, est tributaire de ressources d'origine maternelle (en l'occurrence le gamétophyte). Chez les plantes à graines, cela correspond aux réserves mis en place par la plante mère dans la graine et qui serviront à la germination et au développement de la plantule. L'embryon est connecté au gamétophyte par un pied lié au corps principal de l'embryon par un suspenseur.

Le stade embryon est apparu par convergence dans d'autres lignées d'eucaryotes, en particulier chez les Métazoaires. Bien entendu, il n'y a aucune homologie. L'embryon des Métazoaires se développe selon une séquence propre et bien définie, via des mouvements morphogénétiques et la mise en place de feuillets embryonnaires.

Cycle à deux générations et deux phases des Embryophytes (ici illustré avec la fougère polypode). Le gamétophyte haploïde produit des gamètes au niveau des gamétanges (Gg), un spermatozoïde (Sz) féconde (F) l’oosphère (Oo) pour donner un zygote puis un embryon qui définit les premiers stades du sporophyte, ce dernier produit par méiose (M) au niveau des sporanges (Sg) des spores haploïdes qui en germant donneront de nouveaux gamétophytes. La phase se superpose aux générations mais n’est pas totalement équivalente, la phase diploïde commence avec le zygote unicellulaire et la phase haploïde se termine avec les gamètes unicellulaires, les générations chez les Embryophytes n’incluent que les stades pluricellulaires.