Les groupes éteints sont en italique et leur monophylie est non confirmée. Les « cladoxylopsides » de la seconde moitié du Dévonien étaient arborescentes (cambium unifacial ne produisant que du bois) et présentaient des axes latéraux sans limbe et anatomiquement caulinaires (ne seraient pas des vraies mégaphylles ou mégafrondes). Les « zygoptérides » sont comprises au sens large et incluent ici toutes les fougères ou formes apparentées basales éteintes qui s’enracinent au Dévonien supérieur. Parmi celles-ci, les Zygopteridales du Carbonifère avaient de vraies mégafrondes et définiraient ainsi les premières vraies fougères, mais le « pétiole » était un phyllophore à anatomie très particulière et à double axe de symétrie bilatérale (structure ne s’observant plus chez aucun taxon actuel). Acquisitions : PxM = protoxylème en position mésarche dans les lobes, MPh = mégaphylle (ou plutôt mégafronde), LSg = leptosporangie (cette acquisition proposée mais non clairement observée pour les « botryoptérides », lignées éteintes du Paléozoïque, pourraient, si elle s’avère vraie dans les taxons éteints, inclure ces derniers dans les Polypodiidae), Ann = annulus, Annc = annulus continu, (1) = homologies des Equisetales (voir plus loin), (2) = régression des mégafrondes et du système racinaire, (3) = hétérosporangie, hétérosporie, hétéroprothallie, perte de l’annulus.