Sont présentées ici trois hypothèses (deux soutiennent la paraphylie des « bryophytes », la troisième leur monophylie), la première étant la plus parcimonieuse pour ce qui est des acquisitions des caractères tissus conducteurs. La deuxième hypothèse, qui était consensuelle jusqu'à récemment, propose les Anthocerotidae groupe frère des Polysporangiophytes, suggérant l’acquisition convergente de tissus conducteurs de type leptoïdes et hydroïdes. La troisième hypothèse soutenue par les dernières analyses moléculaires, avec des Bryophytes (sensu lato) monophylétiques groupe frère des Polysporangiophytes, propose que les stomates seraient apparus à la base des Embryophytes, et une acquisition convergente des tissus conducteurs. Pour les tissus conducteurs, une hypothèse alternative pour les scénarios 2 et 3 proposerait une acquisition précoce chez les Embryophytes et des pertes secondaires chez les Anthocérotes, les Hépatiques et de nombreuses mousses. 

Principales acquisitions : Em = embryon, Cu = cuticule, Sp = sporanges, Gg = gamétanges, So = sporopollénine, St = stomates, Tc = tissus conducteurs (non encore lignifiés), PSg = polysporangie.